Anfang des 18. Jahrhunderts wurden in fast allen Bauernschaften sogenannte Bauerschaftsschulen errichtet. So gab es in Wachtum und Benstrup jeweils eine eigene Bauernschaftschule.

Während der 60er und 70er Jahre des 20. Jahrhunderts wurden viele Schulen reformiert. Dies bedeutete das „Aus“ für viele kleine Schulen. Die Jahrgänge 5 – 9 der Wachtumer Schule wurden zunächst nach Holte verlagert. Im Zuge der Gebietsreform kamen sie 1974 nach Löningen. Obwohl die Grundschule Wachtum mehrmals kurz vor dem „Aus“ stand, konnte die kleine Grundschule bestehen bleiben.
1989 beschloss die Stadt Löningen sogar einen Anbau der Schule. 2 Jahre später wurde der Neubau fertiggestellt. Um den Fortbestand der Schule zu sichern, beschloss der Stadtrat 1992 die Änderungen der Schulbezirksgrenzen. Seit 1992 besuchen auch die Benstruper Schüler die Grundschule Wachtum.

Zum heutigen Einzugsbereich der Grundschule Wachtum zählen Wachtum, Benstrup, Steinrieden und Madlage.